Se lo acusaba de violar la Constitución por organizar una consulta no vinculante sobre un futuro cambio en la Constitución, o sea, por intentar escuchar la voz del pueblo. Curiosamente, la misma deportación a la que fue sometido también estaba prohibida por la Constitución.
La excusa del golpe de Estado fue que Zelaya buscaba perpetuarse en el poder al querer quitar de la Constitución la prohibición de reelección presidencial. Sin embargo, ni el ejército, ni la Corte Suprema, ni el Congreso se opusieron al levantamiento de esa misma prohibición en 2016, cuando la hizo un presidente de derecha, Juan Orlando Hernández, quién fue recientemente reelecto.
Con el tiempo, las verdaderas razones del golpe de Estado serían más evidentes. Honduras había ingresado al ALBA, participaba de Petrocaribe, se había desendeudado frente al BID y comenzaba a mejorar económicamente con una matriz más distributiva. En definitiva, era un mal ejemplo para una región dominada por la derecha y demasiado cercana a los EEUU.
Este golpe de Estado fue en principio rechazado por el MERCOSUR, la UNASUR, el SICA, la OEA y hasta la UE, debido a la interrupción en el sistema democrático. Con el tiempo, manejado por el gobierno golpista, se volvió a realizar elecciones. Sirvió de ejemplo a los otro golpes que vendrían después, ya sin militares pero igualmente antidemocráticos, en Paraguay en 2012 y en Brasil en 2016.
El golpe no transcurrió sin sangre. La represión a las protestas populares por la expulsión del presidente se llevaron varios muertos y decenas de heridos en los primeros días.
A 9 años del golpe de Estado contra el legítimo gobierno de Manuel Zelaya en Honduras, seguimos condenando todo intento de interrupción del proceso democrático y de silenciamiento de la voluntad popular.